The PANTHER Project handles a modified version of newick tree files which,
besides of the tree structure, includes the type of node and ancestor
labels. This function is a wrapper of ape::read.tree().
Character scalar. Full path to the panther file.
Function that will be used to read the tree file.
It can be either ape::read.tree or rncl::read_newick_phylo.
Further arguments passed to ape::read.tree().
A list consisting of a data.frame and a phylo object. The
data.frame has the following columns:
Numeric vector. Length of the branch to its parent node.
Character vector. Can be either "S" (speciation), "D"
(duplication), or "T" (horizontal transfer).
Character vector. Name of the ancestor.
The nodeids can be identified using the rownames.
path <- system.file("tree.tree", package="aphylo")
read_panther(path)
#> $tree
#>
#> Phylogenetic tree with 145 tips and 107 internal nodes.
#>
#> Tip labels:
#> AN5:MONBE|Gene=28576|UniProtKB=A9V8K6, AN7:SCHPO|PomBase=SPAC25B8.12c|UniProtKB=Q9UTA6, AN8:SCHPO|PomBase=SPBC215.10|UniProtKB=O94314, AN11:ENTHI|EnsemblGenome=EHI_168190|UniProtKB=C4M4Q5, AN12:ENTHI|EnsemblGenome=EHI_151930|UniProtKB=C4LSN2, AN13:ENTHI|EnsemblGenome=EHI_149870|UniProtKB=C4M9D2, ...
#> Node labels:
#> AN0, AN1, AN2, AN3, AN4, AN6, ...
#>
#> Rooted; includes branch lengths.
#>
#> $internal_nodes_annotations
#> branch_length type ancestor duplication
#> AN0 NA S LUCA FALSE
#> AN1 0.057 S Archaea-Eukaryota FALSE
#> AN2 0.244 S Eukaryota FALSE
#> AN3 0.436 S Unikonts FALSE
#> AN4 0.417 S Opisthokonts FALSE
#> AN6 0.684 D <NA> TRUE
#> AN9 0.790 S Amoebozoa FALSE
#> AN10 0.183 D <NA> TRUE
#> AN15 0.570 S Dictyostelium FALSE
#> AN18 0.519 S Alveolata-Stramenopiles FALSE
#> AN19 0.427 S Alveolata FALSE
#> AN20 0.353 D <NA> TRUE
#> AN25 0.312 D <NA> TRUE
#> AN28 0.544 S Viridiplantae FALSE
#> AN30 0.454 S Embryophyta FALSE
#> AN31 0.216 S Magnoliophyta FALSE
#> AN32 0.194 S Poaceae FALSE
#> AN34 0.048 D <NA> TRUE
#> AN35 0.667 S BEP_clade FALSE
#> AN36 0.100 D <NA> TRUE
#> AN40 0.049 S BEP_clade FALSE
#> AN41 0.027 D <NA> TRUE
#> AN45 0.137 S Pentapetalae FALSE
#> AN47 0.090 S rosids FALSE
#> AN50 0.399 S fabids FALSE
#> AN51 0.094 D <NA> TRUE
#> AN54 0.039 D <NA> TRUE
#> AN57 0.094 D <NA> TRUE
#> AN60 0.653 S Archaea FALSE
#> AN61 0.304 S Thermoprotei FALSE
#> AN62 0.376 D <NA> TRUE
#> AN66 0.452 S Euryarchaeota FALSE
#> AN70 0.057 D <NA> TRUE
#> AN71 0.958 S Eubacteria FALSE
#> AN72 0.209 S Bacilli FALSE
#> AN74 0.339 S Bacillales FALSE
#> AN77 0.426 D <NA> TRUE
#> AN78 0.404 S Enterobacteriaceae FALSE
#> AN79 0.027 D <NA> TRUE
#> AN83 0.351 S Enterobacteriaceae FALSE
#> AN86 1.201 S Eubacteria FALSE
#> AN89 0.435 T <NA> TRUE
#> AN90 0.294 S Trypanosomatidae FALSE
#> AN93 0.399 S Trypanosomatidae FALSE
#> AN94 0.183 D <NA> TRUE
#> AN98 0.320 D <NA> TRUE
#> AN101 0.231 T <NA> TRUE
#> AN104 0.321 S Gammaproteobacteria FALSE
#> AN107 0.226 D <NA> TRUE
#> AN108 0.594 S Enterobacteriaceae FALSE
#> AN110 0.468 D <NA> TRUE
#> AN114 0.413 S Enterobacteriaceae FALSE
#> AN118 0.811 S Eubacteria FALSE
#> AN119 0.143 D <NA> TRUE
#> AN120 0.422 S Bacilli FALSE
#> AN122 0.461 S Bacillales FALSE
#> AN123 0.084 D <NA> TRUE
#> AN127 0.193 S Bacillus FALSE
#> AN128 0.077 D <NA> TRUE
#> AN131 0.056 D <NA> TRUE
#> AN135 0.285 D <NA> TRUE
#> AN138 0.677 S Eubacteria FALSE
#> AN139 0.608 D <NA> TRUE
#> AN140 0.366 S Firmicutes FALSE
#> AN142 0.341 S Bacillales FALSE
#> AN143 0.340 D <NA> TRUE
#> AN147 0.436 S Bacillus FALSE
#> AN148 0.113 D <NA> TRUE
#> AN151 0.125 D <NA> TRUE
#> AN154 0.389 S Firmicutes FALSE
#> AN155 0.043 D <NA> TRUE
#> AN159 0.029 D <NA> TRUE
#> AN160 0.673 S Bacilli FALSE
#> AN162 0.543 S Bacillales FALSE
#> AN164 0.338 D <NA> TRUE
#> AN167 0.221 S Bacillus FALSE
#> AN170 0.710 S Bacilli FALSE
#> AN172 0.254 D <NA> TRUE
#> AN175 0.391 S Bacilli FALSE
#> AN176 0.175 D <NA> TRUE
#> AN179 0.321 S Bacillales FALSE
#> AN181 0.089 D <NA> TRUE
#> AN185 0.348 D <NA> TRUE
#> AN186 0.631 S Bacillus FALSE
#> AN189 0.325 S Bacillus FALSE
#> AN190 0.092 D <NA> TRUE
#> AN193 0.051 D <NA> TRUE
#> AN197 0.752 D <NA> TRUE
#> AN198 0.292 S Actinomycetales FALSE
#> AN199 0.314 D <NA> TRUE
#> AN202 0.519 D <NA> TRUE
#> AN207 1.294 D <NA> TRUE
#> AN211 0.922 D <NA> TRUE
#> AN214 0.651 S Cyanobacteria FALSE
#> AN215 0.193 D <NA> TRUE
#> AN220 0.878 D <NA> TRUE
#> AN224 1.050 D <NA> TRUE
#> AN227 0.479 S Proteobacteria FALSE
#> AN229 0.348 D <NA> TRUE
#> AN230 0.444 S Gammaproteobacteria FALSE
#> AN232 0.597 S Enterobacteriaceae FALSE
#> AN233 0.064 D <NA> TRUE
#> AN236 0.354 D <NA> TRUE
#> AN241 0.432 S Gammaproteobacteria FALSE
#> AN244 0.294 D <NA> TRUE
#> AN245 1.043 S Enterobacteriaceae FALSE
#> AN248 0.619 S Enterobacteriaceae FALSE
#>